장기보유특별공제 계산법 — 보유 40%+거주 40%

1세대 1주택의 장기보유특별공제율은 보유기간 연 4%와 거주기간 연 4%를 따로 계산해 더하는 구조이고, 상한은 80%다. 다만 이 표가 열리려면 3년 이상 보유하고 그 보유기간 중 2년 이상 거주한 이력이 있어야 한다. 거주 2년을 못 채우면 같은 10년 보유라도 공제율은 연 2%씩 쌓인 20%로 떨어진다. 그리고 2026년 세제개편안은 이 구조 자체를 거주기간 중심으로 옮기는 일정을 담았다 — 에너지경제신문이 정리한 대로 2028년에는 보유 연 2%·거주 연 6%로 조정되고, 2029년부터는 보유기간 공제가 폐지되고 거주기간에만 연 8%가 적용된다.

보유와 거주를 따로 센 다음 더한다

장기보유특별공제는 양도차익에서 일정 비율을 빼주는 공제다. 세율을 낮추는 게 아니라 과세 대상 금액 자체를 줄이기 때문에, 차익이 큰 주택일수록 세액에 미치는 영향이 커진다.

일반 부동산은 보유기간만 센다. 3년 이상부터 연 2%씩 쌓여 15년 이상에서 30%가 상한이다. 반면 1세대 1주택 요건을 갖추면 보유기간에 연 4%, 거주기간에 연 4%가 각각 붙어 두 값을 합산한다. 국세청이 공개한 장기보유특별공제율 표를 보유기간과 거주기간이 같다고 가정해 정리하면 다음과 같다.

보유와 거주 연수가 다르면 각 칸을 따로 읽어 더한다. 10년 보유하고 4년 거주했으면 40% + 16% = 56%다. 거주기간이 2년 이상 3년 미만인 구간은 거주 공제가 8%로 잡혀, 3년 보유·2년 거주면 12% + 8% = 20%가 된다.

양도가 12억을 넘으면 차익부터 쪼갠다

1세대 1주택은 양도가액 12억원까지 비과세다. 12억을 넘으면 전체가 과세되는 게 아니라 초과분 비율만 과세 대상으로 잡힌다. 계산식은 전체 양도차익에 (양도가액 − 12억) ÷ 양도가액을 곱하는 형태다. 장기보유특별공제는 이렇게 걸러낸 과세 대상 양도차익에 적용된다.

양도가 20억원, 취득가 10억원, 보유 10년을 고정하고 거주기간만 바꿔 계산하면 공제의 무게가 드러난다. 전체 양도차익은 10억원이고, 과세 대상 양도차익은 10억 × (20억 − 12억) ÷ 20억 = 4억원이다. 아래 표의 공제액과 잔액은 이 4억원을 기준으로 직접 계산한 값이다.

같은 집, 같은 보유기간, 같은 매도가인데 공제 후 양도차익이 3억 2,000만원과 8,000만원으로 네 배 벌어진다. 첫 줄은 거주 요건을 못 채워 1세대 1주택 우대표가 닫힌 경우로, 일반 공제율 연 2%가 10년 쌓여 20%만 적용된 것이다. 여기에 누진세율이 곱해지면 차이는 과세표준 구간을 넘나들며 더 커진다.

주의할 지점이 하나 더 있다. 취득 당시 조정대상지역이었던 주택은 2년 거주가 12억 비과세 자체의 요건이라, 거주 이력이 없으면 위 표의 첫 줄보다 불리한 계산으로 넘어갈 수 있다. 상속·증여로 받은 주택은 취득가액과 보유기간 기산점이 달라지므로 상속받은 집의 취득가액을 상속 당시 시가로 잡는 원리를 먼저 확인해야 하고, 이사 과정에서 두 채가 겹친 기간이 있으면 일시적 2주택 비과세 조건의 1년·2년·3년 기준이 함께 걸린다.

같은 10년을 가진 집도 그 10년 중 몇 해를 살았는지에 따라 공제 후 양도차익이 네 배까지 벌어진다.

2029년부터는 보유만 오래 한 집이 불리해진다

2026년 세제개편안은 고가 1세대 1주택의 장기보유특별공제를 명칭과 구조 양쪽에서 바꾼다. 주택은 거주기간 중심의 장기거주소득공제로, 상가 등 비주택은 보유기간 기준의 장기보유소득공제로 분리한다. 요율 조정은 단계적으로 진행되고 공제 한도가 새로 생긴다.

표에서 최대 공제율 80%는 세 구간 모두 같지만, 그 80%에 도달하는 경로가 달라진다. 2029년 이후에는 10년을 보유했어도 거주 이력이 없으면 주택에 대한 공제가 남지 않는다. 뉴스후플러스는 이 개편의 방향을 오래 보유했느냐보다 실제로 오래 거주했느냐가 공제액을 좌우하는 구조로 정리했다.

공제 한도 신설은 차익이 큰 고가주택에서 먼저 체감된다. 2028년 20억원, 2029년 이후 10억원이 상한이므로, 공제율 계산으로 산출한 금액이 그 한도를 넘으면 한도까지만 인정된다. 시사저널e 보도에 따르면 개편안 논의 과정에서 종합부동산세 쪽은 일부 완화됐지만 장기보유특별공제 축소는 그대로 유지됐다.

연도 경계는 양도일 기준으로 걸린다. 2027년 말과 2028년 말이 요율이 바뀌는 분기점이라, 거주 이력이 짧은 주택과 긴 주택의 유불리가 그 시점에 반대로 뒤집힌다. 개편안은 국회 통과를 거쳐 확정되므로 세부 요율과 한도는 최종 법안에서 달라질 수 있다.

확인해볼 것

• 주민등록초본으로 해당 주택에서의 실제 거주 연수를 연 단위로 확인한다 — 공제율 계산의 출발점이다
• 취득 당시 그 지역이 조정대상지역이었는지 확인한다 — 2년 거주가 비과세 요건인지 갈린다
• 예상 양도가액이 12억원 경계 위인지 아래인지 확인한다 — 위라면 초과분 비율 계산이 먼저다
• 보유기간과 거주기간을 각각 적고 4%를 곱해 더해본다 — 두 값이 다르면 합산 결과가 표와 달라진다
• 다주택 기간이 있었다면 그 기간의 보유·거주 연수 산입 여부를 세무 상담으로 확인한다
• 양도 시점이 2027년 말·2028년 말 경계에 걸리는지, 산출 공제액이 20억·10억 한도를 넘는지 계산해둔다

참고 자료

• 장기보유특별공제율 (국세청 개인신고안내)
• "보유만 오래 한 집은 불리"…장특공제, 어떻게 달라지나 (에너지경제신문)
• [2026 세제개편안] 양도세 공제 기준, 오래 보유보다 '실거주' 우대 (뉴스후플러스)
• 종부세 한발 물러섰지만 장특공제 축소는 그대로 (시사저널e)